L’origine delle collezioni del Museo dell’Erbario di Roma risale al 1872, quando Giuseppe De Notaris (1805-1877) fu chiamato a ricoprire la cattedra di Botanica dell’Università di Roma. L’Istituto di Botanica disponeva a quell’epoca di pochi ambienti all’interno dell’antico convento di San Lorenzo in Panisperna; in questi locali De Notaris potè sistemare la sua ricchissima biblioteca e le sue notevoli collezioni crittogamiche. Egli si dedicò attivamente alla formazione di collezioni essiccate attraverso l’acquisizione di raccolte preesistenti e contribuendo con sue personali raccolte.

Nicola Antonio Pedicino (1839-1883) continuò l’opera iniziata dal suo predecessore consentendo l’acquisizione di importanti raccolte. Alla morte di Pedicino, fu chiamato Pietro Romualdo Pirotta (1853-1936), già professore di Botanica dell’Università di Modena. È a quest’ultimo che si deve la costruzione, nel giardino di Panisperna, di un nuovo Istituto di Botanica.

L’Erbario potè disporre di locali adeguati e conobbe in quegli anni uno sviluppo considerevole. Il numero degli esemplari dell’Erbario fu notevolmente incrementato dalle raccolte di Pirotta stesso, dal personale dell’istituto e dai suoi allievi. È di questo periodo un’intensa attività di scambi con istituti botanici italiani e stranieri e con vari studiosi dell’epoca. Furono acquistati inoltre vari erbari, il più importante dei quali è quello di Vincenzo Cesati, acquisito nel 1885. La sistemazione attuale dell’Erbario risale al 1938, anno in cui avviene il definitivo spostamento delle collezioni nei locali dell’Istituto Botanico della Città Universitaria.