I reperti esposti ed inventariati sono circa 6000 e provengono da collezioni private e pubbliche, acquisizione dirette, donazioni e dallo storico laboratorio di Merceologia del Regio Istituto di Studi Commerciali, istituito nel 1906.

Il Museo raccoglie i seguenti reperti:

• Minerali e pietre preziose
• Mettali e leghe
• Prodotti chimici
• Materiali da costruzione
• Materiali per decorazioni e scultura
• Ceramiche
• Vetro
• Prodotti della concia
• Fibre tessili, tessuti e carta
• Combustibili e materie plastiche
• Alimenti e derivati
• Detergenti e cere
• Tabacco
• Essenze
• Coloranti
• Prodotti del mare
• Inchiostri
• Apparecchi scientifici
• Xiloteca
• Spermoteca
• Collezione di strumenti e apparecchi di laboratorio del primo novecento

La collezione dei reperti è organizzata in una esposizione “ragionata” sulla base delle varie attività economiche e commerciali, al fine di consentire al visitatore la comprensione completa dei procedimenti tecnici attraverso i quali si realizzano i prodotti finiti a partire dalle materie grezze.

Di particolare interesse è il settore degli strumenti per le analisi merceologiche, che conta circa 400 reperti esposti.