L'insegnamento di Antropologia fu istituito nella Facoltà di Scienze alla Sapienza nel 1884. La cattedra fu affidata a Giuseppe Sergi: filosofo, psicologo, antropologo e pedagogista dai poliedrici interessi, che aveva già insegnato all'Università di Bologna.

Si formò così un primo nucleo del Museo quando, nel 1887, l'allora Istituto di Antropologia trovò stabile collocazione nell'antico palazzo del Collegio Romano, l'ex-convento dei Gesuiti a due passi da piazza Venezia. Si accedeva per una piccola porta al primo piano e appariva subito un lungo corridoio con mobili e scaffali allineati sulle due pareti, con all'interno collezioni antropologiche e naturalistiche di varia antichità e provenienza. Da allora, quel corridoio costituì la "galleria" del Museo , punto di riferimento per la conservazione dei reperti, per la didattica e per la ricerca.

Venne presto a costituirsi un insieme di reperti e collezioni provenienti da tutto il mondo, che ancora oggi rappresentano un patrimonio prezioso per lo studio della specie umana nella sua variabilità, nel corso della sua storia e della sua evoluzione, come pure per quella dei primati non-umani attuali e delle varietà umane e ominidi estinte.

Tra il 1929 e il 1935 il Museo si arricchì dei suoi reperti più importanti: i crani neandertaliani di Saccopastore. Nel 1938, sotto la direzione di Sergio Sergi, l'Istituto di Antropologia, con i suoi laboratori, la sua biblioteca e il suo museo vennero trasferiti nella Città Universitaria, appena costruita, nella sede che ancora oggi occupano. Qui il Museo, intitolato nel 1984 a Giuseppe Sergi, dispone di un unico ampio locale al secondo piano dell'edificio Antropologia-Psicologia.

Nello stesso spazio, nel corso degli ultimi decenni, ha trovato posto anche un’area espositiva permanente, rivolta alla divulgazione dell'Antropologia, intesa come Storia Naturale dell'uomo, e alla storia di questa disciplina scientifica, che viene frequentata abitualmente da studenti universitari, gruppi scolastici di ogni ordine e grado, turisti e pubblico vario.